30 сентября 2014 г. Мэр Москвы Сергей Собянин посетил ОАО "Газпромнефть – Московский НПЗ" (дочернее предприятие ОАО "Газпром нефть"), где принял участие в запуске установки по производству полимерно-модифицированных битумов и битумных эмульсий, а также осмотрел площадку для строительства блока биологических очистных сооружений.
Этот проект является частью масштабной программы модернизации Московского НПЗ. До 2025 года ОАО «Газпром нефть» инвестирует в модернизацию предприятия свыше 180 миллиардов рублей, из них в настоящее время вложено 50 миллиардов рублей.
Мэр Москвы  отметил это  как крупнейший инвестиционный проект в сфере промышленности в Москве. «Ещё совсем недавно Капотня и Московский МПЗ ассоциировались с реальной экологической катастрофой, с тем, что здесь было физически и морально устаревшее производство. Четыре года тому назад была принята программа модернизации завода и коренного улучшения экологической составляющей. Мы практически каждый год здесь бываем и реально видим, как меняется ситуация». По его словам Сергея Собянина, недавно была закончена рекультивация очистных сооружений и механических отстойников, которые были источником неприятного запаха и выбросов в атмосферу.    В прошлом году была закончена реконструкция битумной установки.  
  В ходе реализации проекта на месте шламовых площадок появились зелёные поля, на которых можно свободно гулять.  «Здесь находились четыре водоотстойника, старый буферный пункт и головная приёмная ёмкость очистных сооружений, которые в данный момент полностью ликвидированы. Около 300 тысяч кубов шлама утилизировано и переработано в основном биологическим методом», — сообщил генеральный директор ОАО «Газпромнефть-МНПЗ» Аркадий Егизарьян. В рамках развития  экологической программы в 2011 — 2012 годах Московский НПЗ   начал эксплуатировать закрытые очистные сооружения.
На сегодняшний день на предприятии идет  строительство и реконструкция установок по производству серы, а также  начата реабилитация загрязнённых территорий.
В целом, в 2015 году суммарное снижение выбросов загрязняющих веществ в атмосферу должно составить 48%, а по сероводороду – 96%, что обеспечит отсутствие неприятных специфических запахов.
  Так же  важным экологическим проектом стало строительство блока биологических очистных сооружений,  реализация  которого существенно повысит качество очистки сточных вод предприятия.  
Новые очистные сооружения позволят дочистить заводские стоки до показателей, близких к нормативам для сброса в поверхностные водоемы. Эффективность очистки составит порядка 98-99%. Также в 3 раза будет снижено водоотведение за счет повторного использования очищенных стоков в системах оборотного водоснабжения и пожаротушения завода.
Как основная технологическая схема будущих биологических очистных сооружений выбран закрытый мембранный биологический реактор, который является наиболее щадящим при взаимодействии с окружающей средой.
В настоящее время утверждены основные технические решения, разработана и направлена на рассмотрение в "Главгосэкспертизу России" проектная документация.
Завершение строительства блока биологических очистных сооружений запланировано на I квартал 2017 года.